肠道微生态系统在人体微生态系统中是最主要的，在微生态学发展的早期，学者们所说微生态失调就是指肠道菌群紊乱。实际上，人体微生态平衡不单单局限在肠道，在人的皮肤、口腔、呼吸道、阴道也都有微生态环境，微生态失调影响整个机体健康。

人体微生态失调就是：“正常的微生物群之间和正常微生物群与宿主之间的微生态平衡，在外环境影响下，由生理性组合转变为病理性组合状态。”简单说，人体微生态失调就是体内菌与菌的失调，或是菌与机体的失调，或是菌和机体的统一体与外环境失调，使人体从正常情况转为病态。

一、菌群失调的原因

导致人体微生态失调的原因有多方面，有关专家认为，这些原因造成的影响有些可能是一个累积的过程，不会立即导致人体患病，但人体微生态失调是导致亚健康的重要因素。随着年龄增长，人体肠道内益生菌数量会逐渐减少。经研究发现，体内益生菌占总菌数的比率有逐年降低的趋势：婴儿时期高达99%；青少年时期保持在40%左右；中年时期降至10%，开始出现体衰多病的迹象；60岁以后仅存1%～5%，频频发生严重疾患。 引起微生态失调的诱发因素主要有使用抗生素、外科手术、射线照射、医源性因素、使用免疫抑制剂、细胞毒性物质和激素等因素，都能使导致人体微生态失调，机体免疫功能下降。尤其是使用抗生素可以引起菌群失调。且在抗生素的选择作用下，能增加正常微生物群对抗生素的耐药性。因此，在微生态失调的诱发因素中，使用（或滥用）抗生素占有重要位置。

二、菌群失调的防治

根据微生态学的理论与实践，在微生态失调的防治中必须采取综合性措施，主要包括以下几个方面：1、矫正微生态失调：首先应积极治疗宿主的原发疾病及保护好微生态环境，如胃酸缺乏症和消化功能紊乱，调整微生态失调才能奏效。2、合理应用抗生素：在临床应用抗生素时应尽量维护和保持微生态平衡。主要措施是抗生素用药要适量，能用小剂量抗生素解决问题就不用大剂量，能用窄谱抗生素治疗就不必用广谱抗生素。3、及时应用微生态制剂：发生菌群失调后，在应用抗生素治疗的同时，应该及时用微生态制剂调整和恢复正常菌群。使用双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌等活菌制剂，能恢复正常菌群。近年来发现某些中药亦能增加或促进肠道正常菌群的生长。微生态制剂包括正常菌群的优势种群和促进正常微生物群生长繁殖的物质。如酸牛奶等微生态制剂已被愈来愈多地应用于菌群失调的预防和治疗。含有双歧杆菌、乳杆菌以及肠球菌等的活菌制剂有较好的效果。

三、微生态疗法：人类可持续健康之路 

宿主的正常微生物群的失调也同样会引起疾病，这就是生态病。怎样防治人类生态病，使人类健康长寿，是微生态学的重要任务。在抗生素和免疫抑制剂应用日益普遍的今天，人们已认识到抗生素在恢复人体健康的同时，也带来菌群失调的负效应。而医用微生态调节剂的出现给医学科学带来了又一次革命，应引起医药学界的高度重视。它与其他药物不同，健康人也可应用，既能提高人类健康水平又能克服菌群失调的弊端，纵观现有的各种药物尚无能够替代抗生素作用的，但微生态调节剂却有此可能性。随着微生态学和生物工程技术的不断发展，将会研制出更多的新型微生态调节剂，那么人类可持续健康之路也不再是遥远的。